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Cancer Genome Characterization Initiative

Visit the database of genomic characterization data for multiple tumor types.

The Recurrent Chromosome Aberrations in Cancer Database Searcher
  • Brief instructions for searching the database:
    • You must choose one or both of the following two fields: Structural Aberrations and Numerical Aberrations.
    • If you choose Structural Aberrations, you must select at least one of the following fields: Breakpoint, Topography, Morphology, or Gene.
    • If you choose Numerical Aberrations, you must select at least one of the following fields: Chromosome, Topography, Morphology.
    • You may select only one item in each pulldown menu
    • Press Retrieve.
  • A successful search returns a table, with the following headings and entries:
    • Breakpoint, with each entry linked to the OMIM Gene Map (this column is returned only for structural aberrations)
    • Abnormality
    • Morphology, with each entry linked to a similar table that describes all abnormalities with this morphology.
    • Topography, with each entry linked to a similar table that describes all abnormalities at this topography
    • Number of cases, hyperlinked to the list of applicable cases
    • Genes

Aberration type:
Aberration type:




Expand Topography List:

Expand Morphology List:

Expand Gene List:




[Full Text]

Balanced Chromosomal Abnormalities

Band Abnormality Morphology Topography Cases Genes
1q11 t(1;6)(q11;q11) Malignant melanoma Skin  
1q12 t(1;19)(q12;p13) Malignant melanoma Skin  
1q21 t(1;14)(q21;q32) Malignant melanoma Skin  
6q11 t(1;6)(q11;q11) Malignant melanoma Skin  
14q32 t(1;14)(q21;q32) Malignant melanoma Skin  
19p13 t(1;19)(q12;p13) Malignant melanoma Skin  

Unbalanced Chromosomal Abnormalities

Band Abnormality Morphology Topography Cases Genes
1p11 del(1)(p11) Malignant melanoma Skin  
1p13 del(1)(p13) Malignant melanoma Unknown site  
1p13 del(1)(p13) Malignant melanoma Skin  
1p21 del(1)(p21) Malignant melanoma Eye  
1p22 del(1)(p22) Malignant melanoma Eye  
1p22 del(1)(p22) Malignant melanoma Unknown site  
1p22 del(1)(p22) Malignant melanoma Skin  
1p31 del(1)(p31) Malignant melanoma Unknown site  
1p36 add(1)(p36) Malignant melanoma Unknown site  
1p36 del(1)(p36) Malignant melanoma Eye  
1q10 der(1;8)(q10;q10) Malignant melanoma Eye  
1q10 i(1)(q10) Malignant melanoma Skin  
1q10 i(1)(q10) Malignant melanoma Unknown site  
1q10 i(1)(q10) Malignant melanoma Eye  
1q11 add(1)(q11) Malignant melanoma Unknown site  
1q11 del(1)(q11) Malignant melanoma Skin  
1q11 der(13)t(1;13)(q11;p13) Malignant melanoma Eye  
1q11 der(15)t(1;15)(q11;p13) Malignant melanoma Eye  
1q11 der(6)t(1;6)(q11;q11) Malignant melanoma Unknown site  
1q32 del(1)(q32) Malignant melanoma Skin  
1q42 del(1)(q42) Malignant melanoma Skin  
2p11 del(2)(p11) Malignant melanoma Skin  
2p21 del(2)(p21) Malignant melanoma Skin  
2q11 del(2)(q11) Malignant melanoma Skin  
3p11 add(3)(p11) Malignant melanoma Unknown site  
3p14 del(3)(p14p22) Malignant melanoma Skin  
3p22 del(3)(p14p22) Malignant melanoma Skin  
3p25 add(3)(p25) Malignant melanoma Skin  
3q12 add(3)(q12) Malignant melanoma Eye  
4q21 del(4)(q21) Malignant melanoma Skin  
4q31 add(4)(q31) Malignant melanoma Eye  
5p10 i(5)(p10) Malignant melanoma Unknown site  
5p15 add(5)(p15) Malignant melanoma Eye  
5p15 add(5)(p15) Malignant melanoma Unknown site  
6p10 i(6)(p10) Malignant melanoma Unknown site  
6p10 i(6)(p10) Malignant melanoma Skin  
6p10 i(6)(p10) Malignant melanoma Eye 10   
6p12 der(18)t(6;18)(p12;p11) Malignant melanoma Eye  
6p21 del(6)(p21) Malignant melanoma Skin  
6q11 add(6)(q11) Malignant melanoma Unknown site  
6q11 add(6)(q11) Malignant melanoma Eye  
6q11 der(6)t(1;6)(q11;q11) Malignant melanoma Unknown site  
6q13 del(6)(q13) Malignant melanoma Eye  
6q13 del(6)(q13) Malignant melanoma Skin  
6q13 del(6)(q13q26) Malignant melanoma Eye  
6q14 del(6)(q14) Malignant melanoma Skin  
6q15 del(6)(q15) Malignant melanoma Skin  
6q21 del(6)(q21) Malignant melanoma Skin  
6q21 del(6)(q21) Malignant melanoma Unknown site  
6q23 add(6)(q23) Malignant melanoma Skin  
6q26 del(6)(q13q26) Malignant melanoma Eye  
7p10 i(7)(p10) Malignant melanoma Eye  
7p11 del(7)(p11) Malignant melanoma Eye  
7p11 del(7)(p11) Malignant melanoma Unknown site  
7p11 der(7)t(7;9)(p11;q11) Malignant melanoma Skin  
7q10 i(7)(q10) Malignant melanoma Skin  
7q10 i(7)(q10) Malignant melanoma Unknown site  
8p11 add(8)(p11) Malignant melanoma Eye  
8p12 add(8)(p12) Malignant melanoma Eye  
8p21 del(8)(p21) Malignant melanoma Skin  
8p23 add(8)(p23) Malignant melanoma Unknown site  
8q10 der(1;8)(q10;q10) Malignant melanoma Eye  
8q10 der(8;21)(q10;q10) Malignant melanoma Eye  
8q10 i(8)(q10) Malignant melanoma Unknown site  
8q10 i(8)(q10) Malignant melanoma Eye 46   
8q10 i(8)(q10) Malignant melanoma Skin  
8q24 add(8)(q24) Malignant melanoma Eye  
9p11 del(9)(p11) Malignant melanoma Skin  
9p11 der(9)del(9)(p11)del(9)(q22) Malignant melanoma Skin  
9p21 del(9)(p21) Malignant melanoma Skin MTAP/CDKN2B-AS1
9p22 del(9)(p22) Malignant melanoma Skin  
9p22 del(9)(p22) Malignant melanoma Unknown site  
9q11 der(7)t(7;9)(p11;q11) Malignant melanoma Skin  
9q22 der(9)del(9)(p11)del(9)(q22) Malignant melanoma Skin  
9q34 add(9)(q34) Malignant melanoma Eye  
10q24 del(10)(q24) Malignant melanoma Unknown site  
11p15 add(11)(p15) Malignant melanoma Eye  
11p15 add(11)(p15) Malignant melanoma Skin  
11q23 del(11)(q23) Malignant melanoma Unknown site  
11q23 del(11)(q23) Malignant melanoma Eye  
11q23 del(11)(q23) Malignant melanoma Skin  
11q24 add(11)(q24) Malignant melanoma Eye  
11q25 add(11)(q25) Malignant melanoma Eye  
12p11 add(12)(p11) Malignant melanoma Eye  
12p11 add(12)(p11) Malignant melanoma Unknown site  
12q21 add(12)(q21) Malignant melanoma Skin  
12q24 add(12)(q24) Malignant melanoma Unknown site  
13p11 add(13)(p11) Malignant melanoma Unknown site  
13p13 add(13)(p13) Malignant melanoma Unknown site  
13p13 der(13)t(1;13)(q11;p13) Malignant melanoma Eye  
13q10 i(13)(q10) Malignant melanoma Unknown site  
14q10 i(14)(q10) Malignant melanoma Eye  
14q32 add(14)(q32) Malignant melanoma Eye  
15p13 add(15)(p13) Malignant melanoma Unknown site  
15p13 der(15)t(1;15)(q11;p13) Malignant melanoma Eye  
16p13 add(16)(p13) Malignant melanoma Unknown site  
16q21 add(16)(q21) Malignant melanoma Eye  
16q22 del(16)(q22) Malignant melanoma Eye  
16q24 del(16)(q24) Malignant melanoma Skin  
17p13 del(17)(p13) Malignant melanoma Skin  

Band Abnormality Morphology Topography Cases Genes
17q10 i(17)(q10) Malignant melanoma Eye  
18p11 del(18)(p11) Malignant melanoma Eye  
18p11 der(18)t(6;18)(p12;p11) Malignant melanoma Eye  
18q23 add(18)(q23) Malignant melanoma Eye  
19p13 add(19)(p13) Malignant melanoma Eye  
19q13 add(19)(q13) Malignant melanoma Unknown site  
19q13 add(19)(q13) Malignant melanoma Eye  
20q13 add(20)(q13) Malignant melanoma Eye  
21p13 add(21)(p13) Malignant melanoma Unknown site  
21q10 der(8;21)(q10;q10) Malignant melanoma Eye  
21q10 i(21)(q10) Malignant melanoma Eye  
21q22 add(21)(q22) Malignant melanoma Eye  
22p13 add(22)(p13) Malignant melanoma Eye  

Numerical Chromosomal Trisomy Abnormalities

Abnormality Morphology Topography Cases Genes
+1 Malignant melanoma Unknown site  
+1 Malignant melanoma Skin  
+2 Malignant melanoma Eye  
+2 Malignant melanoma Skin  
+2 Malignant melanoma Unknown site  
+3 Malignant melanoma Unknown site  
+3 Malignant melanoma Skin  
+4 Malignant melanoma Skin  
+4 Malignant melanoma Eye  
+5 Malignant melanoma Eye  
+5 Malignant melanoma Skin  
+5 Malignant melanoma Unknown site  
+6 Malignant melanoma Eye 13   
+6 Malignant melanoma Skin 11   
+6 Malignant melanoma Unknown site  
+7 Malignant melanoma Eye 14   
+7 Malignant melanoma Skin 21   
+7 Malignant melanoma Unknown site 17   
+8 Malignant melanoma Eye 39   
+8 Malignant melanoma Skin 13   
+8 Malignant melanoma Unknown site  
+9 Malignant melanoma Skin  
+9 Malignant melanoma Eye  
+10 Malignant melanoma Skin  
+10 Malignant melanoma Eye  
+11 Malignant melanoma Skin  
+11 Malignant melanoma Eye  
+12 Malignant melanoma Eye  
+12 Malignant melanoma Skin  
+12 Malignant melanoma Unknown site  
+13 Malignant melanoma Eye  
+13 Malignant melanoma Unknown site  
+13 Malignant melanoma Skin  
+14 Malignant melanoma Eye  
+14 Malignant melanoma Skin  
+15 Malignant melanoma Unknown site  
+15 Malignant melanoma Soft tissue  
+15 Malignant melanoma Skin  
+15 Malignant melanoma Eye  
+16 Malignant melanoma Eye  
+16 Malignant melanoma Unknown site  
+16 Malignant melanoma Skin  
+17 Malignant melanoma Skin  
+17 Malignant melanoma Eye  
+17 Malignant melanoma Unknown site  
+18 Malignant melanoma Eye  
+18 Malignant melanoma Unknown site  
+18 Malignant melanoma Skin  
+19 Malignant melanoma Skin 12   
+19 Malignant melanoma Eye  
+19 Malignant melanoma Unknown site  
+20 Malignant melanoma Skin 23   
+20 Malignant melanoma Eye  
+20 Malignant melanoma Unknown site 11   
+21 Malignant melanoma Eye 15   
+21 Malignant melanoma Skin  
+21 Malignant melanoma Unknown site  
+22 Malignant melanoma Unknown site  
+22 Malignant melanoma Skin 11   
+22 Malignant melanoma Eye 15   
+X Malignant melanoma Skin  
+X Malignant melanoma Unknown site  
+Y Malignant melanoma Skin  

Numerical Chromosomal Monosomy Abnormalities

Abnormality Morphology Topography Cases Genes
-1 Malignant melanoma Skin  
-1 Malignant melanoma Unknown site  
-1 Malignant melanoma Eye 14   
-2 Malignant melanoma Eye  
-2 Malignant melanoma Skin 14   
-2 Malignant melanoma Unknown site 12   
-3 Malignant melanoma Skin 11   
-3 Malignant melanoma Unknown site  
-3 Malignant melanoma Eye 67   
-4 Malignant melanoma Skin 20   
-4 Malignant melanoma Unknown site 12   
-4 Malignant melanoma Eye  
-5 Malignant melanoma Eye  
-5 Malignant melanoma Skin 14   
-5 Malignant melanoma Unknown site 11   
-6 Malignant melanoma Eye  
-6 Malignant melanoma Skin 14   
-6 Malignant melanoma Unknown site  
-7 Malignant melanoma Eye  
-7 Malignant melanoma Skin  
-8 Malignant melanoma Eye  
-8 Malignant melanoma Skin 15   
-8 Malignant melanoma Unknown site 13   
-9 Malignant melanoma Skin 16   
-9 Malignant melanoma Unknown site 21   
-9 Malignant melanoma Eye  
-10 Malignant melanoma Skin 36   
-10 Malignant melanoma Unknown site 34   
-10 Malignant melanoma Eye  
-11 Malignant melanoma Skin 19   
-11 Malignant melanoma Unknown site 18   
-11 Malignant melanoma Eye  
-12 Malignant melanoma Eye  
-12 Malignant melanoma Skin 21   
-12 Malignant melanoma Unknown site  
-13 Malignant melanoma Eye  
-13 Malignant melanoma Skin 19   
-13 Malignant melanoma Unknown site 14   
-14 Malignant melanoma Skin 20   
-14 Malignant melanoma Unknown site 13   
-14 Malignant melanoma Eye  
-15 Malignant melanoma Skin 22   
-15 Malignant melanoma Unknown site 11   
-15 Malignant melanoma Eye 23   
-16 Malignant melanoma Unknown site 15   
-16 Malignant melanoma Skin 22   
-16 Malignant melanoma Eye 19   
-17 Malignant melanoma Skin 17   
-17 Malignant melanoma Unknown site 12   
-17 Malignant melanoma Eye 10   
-18 Malignant melanoma Eye  
-18 Malignant melanoma Unknown site 12   
-18 Malignant melanoma Skin 16   
-19 Malignant melanoma Unknown site 13   
-19 Malignant melanoma Skin 14   
-19 Malignant melanoma Eye  
-20 Malignant melanoma Unknown site  
-20 Malignant melanoma Skin 14   
-20 Malignant melanoma Eye  
-21 Malignant melanoma Skin 24   
-21 Malignant melanoma Unknown site 13   
-21 Malignant melanoma Eye  
-22 Malignant melanoma Unknown site 20   
-22 Malignant melanoma Skin 19   
-22 Malignant melanoma Eye  
-X Malignant melanoma Vagina  
-X Malignant melanoma Eye 25   
-X Malignant melanoma Skin 19   
-X Malignant melanoma Unknown site 12   
-Y Malignant melanoma Eye 47   
-Y Malignant melanoma Unknown site 16   
-Y Malignant melanoma Skin 14